FTA는 어느 특정 국가에만 배타적으로 특혜를 부여하는 협정으로 당사국은 실제 협정을 체결한 국가의 원산지제품이 맞는지, 협정에서 정해놓은 여러 가지 요건에 부합하는지에 대해 원산지검증을 할 수 있다. 원산지검증은 FTA 협정관세를 적용해 통관된 이후에 행해지기 때문에 사후검증이라고도 일컫는다.
원산지검증은 제3국 물품의 우회 수출입을 방지하고, 자국 산업 보호 등의 목적으로 적용협정이 적절하게 되었는지, 제3 국가를 거치지 않고 직접 운송됐는지, 협정에서 정하는 원산지규정과 원산지증명 규정에 부합하는지 등을 검증하게 된다. 이러한 원산지증명과 관련된 모든 근거는 우선 서면으로 제출해야 한다. 원산지검증은 원재료 공급자, 완제품 생산자, 수출자, 수입자 등을 모두 검증대상으로 하고 있으므로 FTA 원산지물품과 관련된 당사자는 원산지물품임을 입증할 수 있는 서류들을 5년간 반드시 보관해야 한다. 이러한 서류들을 잘 보관하지 않아 원산지검증 시 대응을 하지 못하게 된다면 수입자는 혜택을 받은 관세만큼 추징당하며, 원산지를 증명한 수출자 역시 수출 당국의 패널티를 받게 된다
인증수출자란 수출국 과세당국이 FTA 원산지증명 및 관리능력이 있다고 인증한 수출자에게 원산지증명서 발급절차 간소화 등의 혜택을 부여하는 제도다. 우리나라는 품목별 인증수출자와 업체별 인증수출자로 이원화해 인증하고 있다. 품목별 인증수출자는 인증을 받은 협정, 물품(HS CODE 6단위 기준)에 한해 원산지관리능력을 인증받고, 업체별 인증수출자는 모든 협정, 모든 물품에 대해 인증받는다.
기관발급 원산지증명서는 신청자가 선적과 관련된 서류(인보이스, 패킹리스트, BL)와 원산지판정서류(자재명세서, 제조공정도, 원산지소명서 등)를 발급기관에 제출하고 형식적인 적정성을 심사받은 후 비로소 원산지증명서를 발급받게 된다. 인증수출자를 획득하게 되면 기관발급 원산지증명서 신청 시 원산지판정 근거서류 제출의무가 면제되고, 빠르게 원산지증명서가 발급되기 때문에 효율적인 원산지증명이 가능하다. 자율발급 원산지증명형태를 띠고 있는 한-EU, 한-영 FTA의 경우 원산지증명서를 작성할 때 수출금액이 6,000유로를 초과할 경우 반드시 인증수출자 번호를 기재하도록 규정하고 있다.
하지만 인증수출자를 획득한다고 해서 사후검증 의무가 면제되는 것은 아니다. 따라서 인증수출자를 획득하더라도 적절한 원산지판정은 선행되어야 하며, 지속적으로 사후관리를 해야 한다.
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